Bereits 780–817 wurden die ersten Urkunden über die Ersterwähnung des Dorfes archiviert. In einer Urkunde wird 1342 von einem festen Schloss mit umlaufendem Graben geschrieben. 1503 soll es wüst gewesen sein. Das Vielfache Belehnen und der häufige Besitzerwechsel zeugen von einer interessanten Immobilie. Es wird von Rittern und auch von drei Ritterhöfen geschrieben. Die Familie von Kühn kaufte das Anwesen 1743. Ab etwa 1772 ist Johann Georg von Kühn Besitzer vom Grüninger Schloss. Auf der alten Karte (Abb. 1826) ist es noch zweigeteilt eingezeichnet, Nr. 1und 2. 1772 ließ er das heutige Schloss erbauen. Dessen Tochter, Fräulein Sophie von Kühn, sollte die Braut des unter dem Namen „Novalis“ bekannten Dichters Friedrich Ludwig von Hardenberg[1][1], gewesen sein. Sie verlobten sich am 15. März 1795. Er war ein Frühromantiker und Philosoph. Er war erschüttert über den frühen Tod seiner 15-jährigen Verlobten, die er sehr liebte. Aus dieser Zeit entstanden viele prägende schriftliche Werke, u. a. eines seiner Bekanntesten, das Gedicht „Die blaue Blume“. Er wohnte damals in Bad Tennstedt und kam mehrmals mit dem Pferd nach Grüningen. Dieser Ritt wird seit Jahren durch die Schüler vom Gymnasium aus Greußen im Mai nachgestellt. Am Schloss finden dann immer die Festveranstaltungen mit viel Prominenz aus der Politik, Literatur und der Novalisgesellschaft statt.

Die Ersterwähnung von der Burg Grüningen wird mit 1198 angegeben. Heute sind noch Wallgraben und Mauerreste zwischen Schloss, Park und Sportplatz zu sehen. Ob das aber die Burgreste sind, ist nicht erwiesen.

Die ev. St. Petrus Kirche wurde zwischen 1823 und 1824 auf dem Fundament der alten Kirche erbaut. Der Turm stammt noch aus dem Jahre 1716. Grüningen gehörte bis 1815 zum kursächsischen Amt Weißensee. Durch die Beschlüsse des Wiener Kongresses kam es zu Preußen und wurde 1816 dem Landkreis Weißensee im Regierungsbezirk Erfurt der Provinz Sachsen zugeteilt, zu dem es bis 1944 gehörte.

Heute ist das ehemalige Dorf seit 1968 zu Greußen gehörend. Das ehemalige Schloss wurde zu einer Wohnstätte für alte und bedürftige Bürger und wird von der Diakonie „Sophie von Kühn“ geführt. Nur wenige Firmen sind hier etabliert. Dafür ist es eine ruhige Wohngegend.